En el año 2000, el Grupo de Investigación de Informática Biomédica participó en la visualización de la secuencia genómica de Drosophila melanogaster, aportando la aplicación informática "gff2ps", una herramienta de visualización para análisis genómico. Este software fue desarrollado para la utilización propia en su investigación, pero se hizo público a través de la web y así fue conocido por Celera Genomics. La colaboración del IMIM, organismo público, es puramente científica y académica. En el mes de marzo se publicó en la revista Science.
En octubre el Grupo de Investigación de Informática Biomédica participó en la visualización de la secuencia del Genoma Humano, con la aplicación informática "gff2ps", ya utilizada por Celera Genomics en la visualización de Drosophila melanogaster. En el caso del Genoma Humano, el Grupo de Investigación de Informática Biomédica tuvo que adaptar el programa debido a las dimensiones de este genoma. En febrero del 2001 se publicó en la revista Science.
En julio del año 2000 el IMIM se adscribe como Instituto Universitario a la Universidad Pompeu Fabra (UPF), por decreto de la Generalitat de Cataluña.
El presente del IMIM no se puede comprender sin su directa vinculación con los nuevos estudios en Ciencias de la Salud y de la Vida de la Universidad Pompeu y Fabra. Unos estudios que ya se pusieron en marcha en espacios del propio edificio cedidos a la UPF. Un despliegue académico que ha comportado la creación del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud (depto. CEXS) de la UPF con la incorporación de nuevo profesorado altamente cualificado que está formando nuevos grupos de investigación en el mismo entorno. Así, no sólo se comparten servicios comunes y científico-técnicos sino que el entorno científico crece anualmente con profesores de la universidad expertos en los ámbitos de la Señalización Intracelular y Regulación Génica, de la Genética y Genómica, y de la Biología Evolutiva, entre otros.
Entre las iniciativas académicas de la UPF en las que participa muy directamente el IMIM destaca el programa de Doctorado en Ciencias de la Salud y de la Vida, unos estudios para la formación de personal investigador que destacan por su carácter multidisciplinar y que proveen tres itinerarios de especialización en los ámbitos de la investigación básica, la investigación clínica, y la investigación en Salud Pública.
También en el año 2000 se elabora el Código de Buenas Prácticas Científicas que implica a los científicos de ambas instituciones (IMIM y depto. CEXS de la UPF) y que establece unas "reglas del juego" que libremente y voluntariamente asumen los profesores e investigadores, no sólo para preservar la integridad de la investigación que efectúan sino para garantizar la máxima calidad y excelencia.
En abril del año 2000 se firma un convenio de colaboración conjunto entre el Ayuntamiento de Barcelona, los Departamentos de Universidades, Investigación y Sociedad de la Información y de Sanidad y Seguridad Social de la Generalitat de Cataluña, la Universidad Pompeu Fabra y el IMAS, para la creación y puesta en marcha del Parc de Recerca Biomèdic de Barcelona (PRBB), un proyecto científico e innovador que ambiciona convertir Barcelona en una de las grandes capitales de Investigación Biomédica de Europa.
El 23 de septiembre del 2000 la ministra de Ciencia y Tecnología, Anna Birulés, y el alcalde de Barcelona, Joan Clos, presiden el acto protocolario de inicio de las obras del nuevo edificio del PRBB que con una superficie de 28.000 m2 dispondrá de tecnologías adelantadas e instalaciones especialmente diseñadas para la investigación. El edificio, de una arquitectura singular, se está construyendo en el frente marítimo de la Barceloneta, al lado del Hospital del Mar.
El PRBB, un parque científico universitario, tiene como objetivo estratégico el concentrar y optimizar los recursos humanos, científico-técnicos y logísticos necesarios para conseguir una Investigación de Excelencia, una Docencia Superior Innovadora, y una Asistencia Sanitaria de la máxima calidad en el campo biomédico.
El Núcleo Científico Principal que integrará el PRBB es: el Instituto Municipal de Investigación Médica (IMIM), el Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud (depto. CEXS) de la UPF y el Centro de Regulación Genómica (CRG).
El PRBB concentrará su investigación científica en los campos siguientes: Diferenciación Celular y Cáncer, Genómica y Regulación Génica, Epidemiología y Salud Pública, Fisiopatología y Desarrollos Terapéuticos, Bioinformática e Informática Biomédica.
El 22 de junio del año 2002 se constituye la Fundación Parc de Recerca Biomèdica por parte de las Fundaciones UPF, IMIM y CRG, después de un acuerdo previo entre las entidades superiores correspondientes. La FPRBB está presidida por el Consejero de Universidades y Investigación de la Generalitat de Cataluña, Sr. Andreu Mas-Colell que también es presidente de la Fundación CRG. Están a más miembros natos de su Patronato, la profesora Rosa Virós, rectora de la UPF y el Sr. José I. Cuervo, cuarto teniente de alcalde del Ayuntamiento de Barcelona y presidente de la Fundación IMIM. Dirige la Fundación PRBB el Dr. Jordi Camí.
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